Alla morte di Lazzaro Spallanzani, il Comune di Reggio Emilia acquista l’intera collezione allestita dallo scienziato nelle stanze della propria abitazione a Scandiano. La raccolta comprende, oltre agli armadi in cui è custodita, reperti zoologici, paleontologici, mineralogici, litologici e botanici, oltre a oggetti di arredo e altri reperti raccolti durante i suoi viaggi esplorativi. Dopo un periodo di incertezza, durante il quale l’intera collezione viene momentaneamente trasferita a Palazzo San Giorgio sede del Liceo classico cittadino, nel 1830 trova una collocazione definitiva al piano terra del Convento di San Francesco. Questo passaggio segna la nascita del nucleo principale del Museo di Scienze Naturali, successivamente intitolato allo scienziato scandianese.
Nel 1880, con voto unanime da parte del Consiglio comunale, viene nominato direttore Alfredo Jona, laureato in Chimica e Storia Naturale e già docente dell’Istituto Tecnico di Reggio.